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坚持同行评议
大约在十几年前的中国，由于同行评议过程牵扯进太多的“关系”，同行评议体制失信。于是，引入了文献计量指标。为了提高论文发表水平，南京大学率先鼓励研究人员在SCI期刊上发表论文。
金碧辉认为，鼓励发表SCI论文和以SCI数据作为评价指标，在中国科学发展的特定时期还是起到了一定的积极作用，实现了论文数量的指数型增长，比如，1997年，美国SCI论文数是中国的40.6倍，到2007年，这一差距已经缩小到10.9倍。
“经历了15年的发展和积累后，中国科学在今天和今后应走向成熟期，实现质量上的突破，鼓励更多高水平、高影响力的论文。从低量级起步，我们可以实现大跨度的发展。而今天，中国科学已经处在高位上向前推进的现实中，可以说，每前进一步都必须依靠高水平研究成果的铺垫。这就需要中国科学家们高度关注世界同行的科研动态，更要在世界先进成果的起点上进行原始性创新。现在是提高中国论文质量的关键时刻了。”
实现质量上的突破，需要有一套与之相适应的评价方法。“建立起公平、公正的同行评议制度，建立起能够解决和协调科学共同体内部问题的科学自组织机制，是中国科学家和科技管理工作者共同面对和共同解决的一个复杂而又艰巨的问题。”
她建议完善并坚持中国科学界的同行评议制度。“现代科学在中国落地的时间不长，因而中国的科学民主还在培育之中，学术经验和科学传统还在积累之中。在这样的阶段，中国科学界的同行评议难免有失信之处，但我们不能因此而全然摒弃同行评议。美国发达的科技水平背后有一个成熟的科学技术体系，其中也包括了经过300年锤炼的成熟的同行评议制度。1993年美国颁布的《政府绩效法》（GPRA）中就明确指出，为确保世界级研究水平而对科学事业进行管理，同行评议是基础。研究项目要由科学专家来评定其价值，资金的配置也须以研究项目的科学价值为依据。时至今日，美国的同行评议制度仍然还在不断的完善之中。”
“尽管同行评议有自身的问题，对于大多数问题应该通过科学的自组织系统，由科学家自己来解决。这样就能够在充分暴露问题的基础上，形成科学自组织系统的自身免疫力，建立其解决自身问题的能力。政府的政策或科技管理部门的主要角色是改善科学研究的环境，应该为建立这样一种科学自治能力创造条件支持，应该让中国科学界在评价中把握科学家自己的话语权。”
她强调，文献计量数据不能替代任何决策，而是为同行专家作出更加公正判断提供参考信息，应合理利用而不是盲目滥用文献计量指标。“盲目滥用文献计量指标就等于剥夺了中国专家在科研成果质量评价以及科研人员科研绩效评价的话语权。这样做的结果是，我们在不经意间将质量评价的话语权拱手让给了有关的数据库。这显然也不利于中国科学发展。”
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